Un bassin bien conçu comporte plusieurs profondeurs, chacune accueillant des plantes spécifiques. La zone marécageuse (0-10 cm d'eau) accueille les plantes de berge comme l'iris des marais, la salicaire et le myosotis d'eau. La zone peu profonde (10-40 cm) est le domaine des joncs, massettes et pontédéries. La zone profonde (40-80 cm et plus) héberge les nénuphars, lotus et autres plantes immergées.
Respecter ces zones de profondeur est essentiel : une plante installée trop profond s'étiolera, tandis qu'une plante de profondeur exposée en eau trop peu profonde risque le gel hivernal. Utilisez des paniers de plantation ajourés remplis de terreau aquatique pour faciliter la mise en place et le contrôle de la croissance.